O Brigadeiro Paulo Victor da Silva, então diretor do CTA, foi quem batizou a aeronave com o nome “Bandeirante”. Havia uma carga simbólica na expressão, que associava o conceito aos desbravadores bandeirantes e simbolizava a integração nacional.

E esta essência desbravadora foi reafirmada no desenvolvimento do projeto. Em meados da década de 1960, projetar e fabricar o protótipo de um avião levava cerca de cinco anos e consumia muitos recursos. No Brasil daquele período, havia ainda outros fatores de dificuldade. Apesar disso, o primeiro protótipo do Bandeirante foi construído em apenas três anos e quatro meses após a aprovação do projeto. Em 22 de outubro de 1968, foi realizado o primeiro voo teste do novo avião. O evento foi cercado de muita expectativa por toda a equipe, que comemorava também os 20 anos do início dos trabalhos de construção do CTA.

Quatro dias depois, no aeroporto de São José dos Campos, o protótipo 01 do Bandeirante realizou o primeiro voo oficial de demonstração. A cerimônia contou com a presença de cerca de 15 mil pessoas, entre elas o Ministro da Aeronáutica, Ministros de Estado e outras autoridades civis e militares.

Concluído com êxito o primeiro protótipo, nasciam os desafios da produção seriada e da comercialização da aeronave. Para concretizar esses passos, no dia 19 de agosto de 1969, foi oficializada via Diário Oficial a criação da Embraer, que passaria a codificar o Bandeirante como EMB 100.

Dois meses depois, o segundo protótipo do Bandeirante fez o voo inaugural, ainda sob responsabilidade da equipe do CTA. Em 2 de janeiro de 1970, a Embraer iniciou as operações e assumiu a produção da aeronave, construindo inteiramente o terceiro protótipo. Equipado com um laboratório aéreo para pesquisas de sensoriamento remoto da CNAE (Comissão Nacional de Atividades Espaciais), o terceiro protótipo voou pela primeira vez em 29 de junho de 1970.

Apesar do bom desempenho do Bandeirante, novos estudos constataram que seus oito lugares eram insuficientes para impulsionar seu crescimento no mercado. A equipe de projetistas da Embraer decidiu, então, reformular o projeto, criando o EMB 110 Bandeirante. A nova versão era maior – com 12 lugares na unidade militar - e contava com avanços técnicos significativos.

Já com as modificações na aeronave, em maio daquele ano, a Embraer celebrou com a Força Aérea Brasileira (FAB) seu primeiro contrato de fornecimento, direcionado à fabricação de 80 aeronaves EMB 110 Bandeirante. Em junho de 1975, o primeiro protótipo do Bandeirante fez seu último voo, percorrendo o percurso entre o Aeroporto Santos Dumont e a Base Aérea dos Afonsos.

O segundo protótipo foi entregue à Fundação Santos Dumont e permaneceu na sede da instituição, em Cotia (SP). Como parte das comemorações do quadragésimo aniversário do primeiro voo do Bandeirante, a Embraer promoveu o restauro do segundo protótipo da aeronave em outubro de 2008. O avião foi pintado nas cores da FAB e recebeu novo interior, com itens, texturas e tonalidades similares à tapeçaria original. ​​